видимо все гуру фотошопа спят - отвечу я

вкратце:
открываешь файл, делаешь ему необходимый размер (на это дело можно сразу action сделать)
заходишь в режим save for web
формат файла - GIF
в таблице цветов выбираешь необходимый цвет и жмешь на значок maps selected colors to transparent (самый левый в панели инструментов под color table)
(на картинке я специально обвел желтый контур черной границей, именно желтый я и буду делать "прозрачным", инструменты обозначены штриховкой и оранжевым контуром)

voilare, у нас все получилось

P.S. :/Program Files/Adobe/Photoshop CS/Help/1_19_4_9.html
читай и внимай
или такой же help в 7-м фотошопе - раздел "Mapping colors to transparency"
RTFM и пробуй